Vaktsineerimine koosneb kolmest süstist. Kaks esimest tehakse 1– 3kuulise intervalliga, kolmas süst tehakse kuni aasta hiljem. Pärast kahte süsti on immuunsus hea, kuid kestab ainult ühe hooaja, kolmas süst pikendab immuunsust.

Kuna Eesti on puukentsefaliidi leviku endeemiline piirkond, soovitab terviseamet puukentsefaliidi korduvvaktsineerimist iga kolme, kuid kindlasti iga viie aasta järel. Lapsi vaktsineeritakse alates ühe aasta vanusest.

Puukentsefaliidi vastane vaktsiin maksab 31 eurot. Puugisüstiga samaaegselt saab kaitsepookida ka difteeria ja teetanuse vastu. Ajad on etteregistreerimisega läbi Viljandi haigla registratuuri (tel 434 3001), kuid vabade aegade olemasolul vaktsineeritakse ka elavas järjekorras.